Das 3. Obergeschoss ist derzeit noch in Planung. In Ergänzung zu den anderen Dauerausstellungen geht es um den Burghausen prägenden Naturraum Salzach-Wöhrsee mit dem Landschaftsschutzgebiet „Salzachtal“. Exponate, großformatige Bilder, Inszenierungen und Forscherstationen sollen das Thema erläutern und es erlebbar machen. Die Besucher erhalten Antworten auf die Fragen nach Quelle, Länge und Flussgeschichte der Salzach.

Unterhaltsame und informative Mitmachstationen erklären den Lebensraum Fluss mit den angrenzenden Auen, Wäldern und Quellaustritten sowie den engen Salzachdurchbrüchen mit den Steilufern. Die Salzach und das Wöhrseebecken werden mit ihrer Flora und Fauna vorgestellt und hier besonders das Burghauser Waldrapp-Projekt.